Theo Tổng LĐLĐ Việt Nam, căn cứ Công văn số 1772-CV/TU ngày 14/8/2020 của Ban Thường vụ Thành ủy TP.HCM và các kết luận của UBKT Thành ủy TP.HCM, sau khi trao đổi với một số bộ, ngành, cơ quan ở Trung ương có liên quan, ngày 17/8/2020, Đoàn Chủ tịch Tổng LĐLĐ Việt Nam đã họp, thảo luận và thống nhất tạm đình chỉ công tác đối với ông Lê Vinh Danh để xem xét trách nhiệm do có những vi phạm theo Thông báo của UBKT Thành ủy TP.HCM.
Ngày 20/8/2020, Tổng LĐLĐ Việt Nam ban hành Thông báo số 130/TB-TLĐ, về việc xem xét xử lý kỷ luật tại Trường ĐH Tôn Đức Thắng.
Ngày 21/8/2020, Đoàn Chủ tịch Tổng LĐLĐ Việt Nam ban hành Quyết định số 1228/QĐ-TLĐ, tạm đình chỉ công tác đối với ông Lê Vinh Danh, Hiệu trưởng Trường ĐH Tôn Đức Thắng để kiểm điểm, xem xét xử lý trách nhiệm do có các khuyết điểm, vi phạm theo Thông báo của Ủy ban Kiểm tra Thành ủy TP.HCM.
Ngày 24/8/2020, Đoàn Chủ tịch Tổng LĐLĐ Việt Nam ban hành các quyết định Quyết định thành lập Hội đồng kỷ luật đối với ông Lê Vinh Danh, Hiệu trưởng Trường ĐH Tôn Đức Thắng và các cá nhân phó hiệu trưởng trong đó có gửi kèm theo thông báo, yêu cầu kiểm điểm của từng cá nhân có tên trong quyết định yêu cầu nộp kiểm điểm về Tổng Liên đoàn trước ngày 10/9/2020.
Cùng ngày, Đoàn Chủ tịch Tổng LĐLĐ Việt Nam ban hành Thông báo số 131/TB-TLĐ về việc kiểm điểm đối với Hội đồng trường ĐH Tôn Đức Thắng nhiệm kỳ 2014-2019.
Ngày 22/9/2020, Tổng LĐLĐ Việt Nam tổ chức họp kiểm điểm viên chức có hành vi vi phạm pháp luật đối với ông Lê Vinh Danh và 3 phó hiệu trưởng. Tuy nhiên, chỉ tổ chức kiểm điểm được đối với phó hiệu trưởng. Ông Lê Vinh Danh không có mặt nên Hội nghị kiểm điểm đối với ông Lê Vinh Danh không thực hiện được.
Tổng LĐLĐ Việt Nam nhấn mạnh, sau 3 lần mời họp kiểm điểm, ông Lê Vinh Danh tiếp tục không có mặt. Căn cứ khoản 3 Điều 15 Nghị định 27/2012/NĐ-CP ngày 6/4/2012 của Chính phủ, ngày 28/9/2020, Tổng Liên đoàn đã quyết định tổ chức họp kiểm điểm vắng mặt ông Lê Vinh Danh. Sau hội nghị kiểm điểm, biên bản cuộc họp kiểm điểm đã được báo cáo Chủ tịch Hội đồng kỷ luật theo đúng quy định.
Ngày 8/10/2020, các Hội đồng kỷ luật của Tổng LĐLĐ Việt Nam đã tổ chức họp để xem xét kiến nghị hình thức kỷ luật đối với ông Lê Vinh Danh, tuy nhiên ông Lê Vinh Danh vắng mặt và có bản giải trình, trong đó nêu một số lý do không thực hiện các quyết định của Tổng Liên đoàn. Hội đồng kỷ luật đã xem xét, không chấp nhận lý do và tiếp tục triệu tập ông Lê Vinh Danh tham dự họp Hội đồng kỷ luật. Tuy nhiên, ông Lê Vinh Danh tiếp tục không có mặt. Sau 2 lần mời họp Hội đồng kỷ luật nhưng ông Lê Vinh Danh tiếp tục không có mặt, ngày 19/10/2020, Hội đồng kỷ luật đã họp vắng mặt người có hành vi vi phạm. Tại cuộc họp Hội đồng kỷ luật đã xem xét và kiến nghị kỷ luật ông Lê Vinh Danh bằng hình thức cách chức. Trên cơ sở kiến nghị của Hội đồng kỷ luật, Đoàn Chủ tịch Tổng Liên đoàn họp ngày 19/10/2020 xem xét, thống nhất hình thức kỷ luật cách chức hiệu trưởng đối với ông Lê Vinh Danh.
Ông Danh 57 tuổi, quê Quảng Ngãi, học vị tiến sĩ. Từ năm 1991, ông công tác tại ĐH Tổng hợp TP HCM,ĐH Bách khoa TP HCM rồi ĐH Quốc gia TP HCM trước khi về ĐH Tôn Đức Thắng năm 1999.
ĐH Tôn Đức Thắng tiền thân là ĐH Công nghệ dân lập Tôn Đức Thắng, thành lập tháng 9/1997. Trường do Liên đoàn Lao động TP HCM sáng lập và quản lý, sau đó chuyển sang mô hình bán công, rồi công lập và chuyển về Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam. Đảng bộ ĐH Tôn Đức Thắng trực thuộc Đảng bộ khối Đại học, Cao đẳng TP HCM (thuộc Thành uỷ TP HCM).