Ông Trần Bắc Hà khi đó bị khởi tố để điều tra về hành vi sai phạm trong việc tiếp nhận hồ sơ, thẩm định và đề xuất phê duyệt, ký hồ sơ đồng ý cấp tín dụng cho Công ty CP chăn nuôi Bình Hà (Hà Tĩnh) vay vốn với các điều kiện ưu đãi sai quy định, vi phạm quy định của ngân hàng, gây thiệt hại cho BIDV hơn 800 tỷ đồng.
Đến tháng 1/2019, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an (C03) ra quyết định bổ sung quyết định khởi tố bị can đối với ông Trần Bắc Hà để điều tra về tội vi phạm quy định về hoạt động ngân hàng, hoạt động khác liên quan đến hoạt động ngân hàng, theo khoản 4 điều 206 BLHS năm 2015, sửa đổi bổ sung năm 2017.
Cơ quan điều tra xác định, ông Trần Bắc Hà đã có hành vi sai phạm liên quan đến việc phê duyệt cấp tín dụng cho Công ty TNHH Thương mại và du lịch Trung Dũng. Cùng với quyết định trên, C03 đã khởi tố, bắt tạm giam loạt bị can nguyên là lãnh đạo và cán bộ của BIDV. Trong số này có ông Đoàn Ánh Sáng - nguyên Phó Tổng Giám đốc phụ trách khối khách hàng doanh nghiệp BIDV.
Tháng 3/2019, con trai ông Trần Bắc Hà là Trần Duy Tùng - 34 tuổi, Chủ tịch HĐQT Công ty CP An Phú, trụ sở tại Bình Định - cũng bị Cơ quan điều tra khởi tố, bắt tạm giam để điều tra về tội "lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản".
Trước khi có các quyết định thi hành luật Ủy ban Kiểm tra Trung ương đã quyết định thi hành kỷ luật bằng hình thức khai trừ khỏi Đảng đối với ông Trần Bắc Hà.
Theo Ủy ban Kiểm tra Trung ương, ông Trần Bắc Hà chịu trách nhiệm về những vi phạm, khuyết điểm của Ban Thường vụ Đảng ủy BIDV nhiệm kỳ 2010-2015 và 2015-2020, gồm: Vi phạm nguyên tắc tập trung dân chủ; thiếu trách nhiệm, buông lỏng lãnh đạo, chỉ đạo, quản lý, thiếu kiểm tra, giám sát, để BIDV có nhiều vi phạm nghiêm trọng mang tính hệ thống trong thực hiện quy chế làm việc.
Ông Trần Bắc Hà còn vi phạm quy định về phân cấp thẩm quyền và quy trình, thủ tục cấp tín dụng, gây hậu quả rất nghiêm trọng, làm tăng nợ xấu, nhất là các khoản nợ có khả năng mất vốn.
Ban Thường vụ còn để nhiều cán bộ vi phạm kỷ luật Đảng và pháp luật nhà nước, bị xử lý hình sự; làm giảm nguồn thu ngân sách, ảnh hưởng đến kết quả kinh doanh, đến thu nhập, việc làm và đời sống của người lao động tại BIDV.
Ủy ban Kiểm tra Trung ương xác định, những vi phạm của ông Hà là rất nghiêm trọng. Cụ thể, ông Hà đã vi phạm nguyên tắc tập trung dân chủ, quy chế làm việc, có biểu hiện áp đặt, thiếu dân chủ trong chỉ đạo, điều hành; vi phạm nghị quyết của Ban Thường vụ Đảng ủy về nghĩa vụ, trách nhiệm của người giữ chức vụ trong hệ thống BIDV.
Ông Trần Bắc Hà cũng vi phạm quy trình, thủ tục, thẩm quyền, quy định về tín dụng trong phê duyệt chủ trương, quyết định một số khoản cho vay, bảo lãnh, đầu tư, quản lý nợ. Trong đó có việc phê duyệt chủ trương cho vay 4.700 tỷ đồng đối với 12 công ty liên quan đến vụ án xảy ra tại Ngân hàng Xây dựng.
Ông Trần Bắc Hà bắt đầu làm việc ở BIDV từ năm 1981. Năm 1991 được bổ nhiệm làm Giám đốc BIDV - Chi nhánh Bình Định. Năm 2003, ông Trần Bắc Hà được bổ nhiệm làm Phó tổng giám đốc BIDV, và đến năm 2007 là Tổng giám đốc BIDV. Từ năm 2008, ông Trần Bắc Hà là Chủ tịch HĐQT BIDV, cho đến khi nghỉ hưu theo chế độ vào ngày 1/9/2016. Trong 35 năm công tác tại BIDV, ông Hà đã trở thành “linh hồn” của ngân hàng này nhưng cũng trong thời gian này, ông Trần Bắc Hà đã mắc nhiều sai phạm đến mức bị khởi tố, bắt giam để điều tra.