Ngoài BOT Bắc Thăng Long - Nội Bài còn có 3 trạm BOT khác bị lái xe phản đối quyết liệt vì cho rằng nơi đặt trạm chưa hợp lý. Đơn cử như BOT Cai Lậy (Tiền Giang), Tân Đệ (Thái Bình), Mỹ Lộc (Nam Định). Trong số các trạm trên, trạm Tân Đệ sẽ được di dời về đường tránh Đông Hưng (Thái Bình), những trạm còn lại thì ngay cả Bộ GTVT cũng đang "lúng túng" trong việc xử lý dứt điểm vụ việc. Điều này khiến "cuộc chiến" giữa lái xe và các trạm BOT mà cụ thể là chủ đầu tư chưa biết bao giờ mới có hồi kết.
Trả lời về việc trạm BOT Bắc Thăng Long - Nội Bài đặt sai vị trí, Bộ trưởng GTVT Nguyễn Văn Thể thừa nhận, trong đầu tư BOT đường bộ còn một số tồn tại, hạn chế, như: Chỉ định thầu với hầu hết dự án, quản lý chi phí đầu tư, doanh thu; Vị trí trạm thu phí gây bức xúc cho người sử dụng (dù các trạm thu phí đều được địa phương thống nhất)...
Theo ông Thể, hiện cả nước có 17/88 trạm thu phí BOT đường bộ bất cập về vị trí cần xử lý. Trong số này, có 3 trạm thu phí nằm ngoài phạm vi dự án, gồm: Trạm thu phí Tào Xuyên (Thanh Hóa - hiện đã dừng thu); trạm Cầu Rác (Hà Tĩnh); Trạm Bắc Thăng Long - Nội Bài.
Ông Thể cho rằng, do lịch sử để lại, khi tận dụng trạm thu phí cho ngân sách trước đây để thu phí hoàn vốn dự án BOT. Việc tận dụng này giúp tiết kiệm khoảng 30-50 tỷ đồng, và phù hợp với quy định thời kỳ đó. Tuy nhiên, sau khi tính toán lại, hiện trạm thu phí Tào Xuyên đã dừng thu phí do chủ đầu tư đã có lãi. Với trạm Cầu Rác (thu phí tuyến tránh Hà Tĩnh) dự kiến sẽ thu xong vào năm 2019, nên Bộ GTVT đề nghị giữ nguyên.
Riêng với trạm thu phí Bắc Thăng Long - Nội Bài (thu phí hoàn vốn Dự án tuyến tránh TP Vĩnh Yên, Vĩnh Phúc), người đứng đầu Ngành Giao thông cho biết, năm 2014, Bộ GTVT đã kiến nghị Thủ tướng dời trạm về đúng tuyến đường tránh. Sau đó, Thủ tướng chỉ đạo Bộ GTVT tiếp tục thu phí tại trạm này đúng hợp đồng ký với nhà đầu tư. Cùng đó, bây giờ người dân đã có lựa chọn đi đường Nhật Tân - Nội Bài. Do đó, Bộ GTVT kiến nghị giữ nguyên vị trí trạm thu phí này.
Trong khi đó, PGS.TS Đinh Trọng Thịnh (Học viện Tài chính) cho rằng, gần như toàn bộ dự án BOT giao thông đều được chỉ định thầu với nhà đầu tư, dẫn tới không cạnh tranh, thiếu minh bạch và không loại trừ “lợi ích nhóm”. Từ đó dẫn tới dự án tính mức đầu tư không sát, hầu hết đều tính giá cao hơn thực tế, điều này đã được kiểm toán, thanh tra chỉ rõ. “Các chủ dự án BOT đều tính toán làm đường thu lợi nhuận đầu tư, thu phí, chưa tính tới lợi ích người dân, xã hội”.
Do đó, chuyên gia trên đề nghị đã tới lúc cần chấn chỉnh lại các trạm thu phí BOT, cả về vị trí, thời gian thu, mức phí đảm bảo công bằng giữa nhà đầu tư, cộng đồng (những người sử dụng tuyến đường) và nhà nước. Theo ông Thịnh, dù hợp đồng đã ký, nhưng luôn có điều khoản chỉnh sửa, đại diện cơ quan nhà nước (Bộ GTVT) phải ngồi với nhà đầu tư tính toán lại.