Theo điều tra bước đầu, khi làm giám đốc Ban Quản lý dự án giao thông và nông nghiệp tỉnh An Giang (Ban QLDA giao thông và nông nghiệp), ông Du đã có hành vi phê duyệt dự toán các gói thầu không đúng quy định của pháp luật, dẫn đến tăng giá trị dự toán và đơn giá giao thầu của 3 gói thầu, gây thiệt hại cho ngân sách Nhà nước số tiền nhiều tỉ đồng.
Theo kết luận của Thanh tra tỉnh An Giang, Cty CP Cầu đường 10 thi công đoạn chuyển tiếp phía thượng lưu thuộc gói thầu số 10 - Dự án Kè Quốc Thái. Qua kiểm tra nhật ký thi công và biên bản nghiệm thu công việc không thể hiện việc thi công đoạn chuyển tiếp phía thượng lưu, nên không có cơ sở xác định nhà thầu đã thi công phần khối lượng công việc thả bao tải cát đoạn chuyển tiếp phía thượng lưu với khối lượng 1.278,59m3, tương ứng giá trị đã thanh toán hơn 880 triệu đồng.
Ban QLDA giao thông và nông nghiệp không quy định chủng loại vải địa kỹ thuật đưa vào sử dụng cho công trình là không đúng quy định của Chính phủ tại 2 gói thầu số 10 và số 11 thuộc Dự án Kè Quốc Thái.
Đối với việc thi công trải vải địa kỹ thuật (gói thầu số 11, Dự án Xử lý sạt lở Vĩnh Thạnh Trung và Bình Mỹ), hồ sơ thể hiện vật liệu đầu vào theo hợp đồng mua bán, biên bản giao nhận hàng hóa và hóa đơn là loại vải địa kỹ thuật ART 22D và VNT 44D. Kết quả thí nghiệm vật liệu đưa vào sử dụng lại là loại vải ART 14D, nên không có cơ sở đánh giá loại vải địa kỹ thuật do Cty TNHH MTV Nam Hào Kiệt (gọi tắt là Cty Nam Hào Kiệt) sử dụng cho công trình là loại vải nào, có đáp ứng yêu cầu về chất lượng theo hồ sơ thiết kế.
Tại 2 gói thầu (gói thầu số 10 và số 11), Cty CP Cầu đường 10 và Cty Nam Hào Kiệt thực hiện công việc đắp bao tải cát dưới nước xử lý hố xói, sạt lở bằng xà lan 200T. Tuy nhiên, nhật ký thi công xây dựng không thể hiện việc lặn kiểm tra, san sửa bao tải cát sau khi thả, nên không có cơ sở xác định việc nhà thầu có lặn kiểm tra. Do đó, việc thanh toán chi phí lặn kiểm tra, với tổng số tiền hơn 4,5 tỷ đồng, là không phù hợp.
Nhật ký thi công không thể hiện đầy đủ việc lặn kiểm tra, san sửa bao tải cát sau khi thả tại 2 gói thầu (gói thầu số 10 và số 11), nhưng vẫn được chủ đầu tư, đơn vị tư vấn giám sát nghiệm thu, thanh toán với số tiền sai phạm lớn.
Riêng 3 gói thầu giao cho Cty Nam Hào Kiệt, qua thanh tra cho thấy các gói thầu có giá trị lớn, Công ty không đảm bảo năng lực, kinh nghiệm nhưng vẫn được Ban QLDA giao thông và nông nghiệp chỉ định thầu thực hiện.
Hiện, vụ án đang được Công an tỉnh An Giang tiếp tục điều tra, làm rõ.