Phan Thanh Giản – vị quan đại thần triều Nguyễn có một bài văn bia bằng chữ Hán soạn năm Đinh Mão (1867), tóm tắt về tính cách, con người Võ Trường Toản, tạm dịch: "…Tiên sinh họ Võ, húy Trường Toản; đời trước hoặc nói là người Thanh Kệ (Quảng Đức), hoặc nói là người Bình Dương (Gia Định), trước thọ nghiệp cùng ai chưa rõ. Chỉ biết sở học của tiên sinh đã tới bậc dày dặn, có thuật nghiệp thâm uyên thông đạt".
"Xảy hồi loạn Tây Sơn, tiên sinh ẩn trú mở trường dạy học, thường học trò tới mấy trăm. Ông Ngô Tùng Châu là môn sinh cao đệ nhất. Bậc thứ nhất là chu công Trịnh Hoài Đức, Phạm Ngọc Uẩn, Lê Quang Định, Lê Bá Phẩm, Ngô Nhân Tịnh. Bậc danh sĩ là ông Chiêu, ông Trúc, nhà ẩn dật, ngoài ra không thể kể hết được. Các ông ấy đều gặp hồi phong vân, thời trung hưng triều Gia Long đứng vào bậc tôi hiền, có người hoặc sát thân đề làm nên điều nhân, hoặc quên mình để trọn tiết nghĩa, thảy đều nên công nghiệp lớn trong đời".
"Lúc ngự vào Gia Định; đức Thế Tổ Cao Hoàng đế hằng triệu tiên sinh tới ứng đối. Lại nghe tiên sinh học rộng khắp các kinh, và sở trường nhất một bộ Tứ thư. Ông Chiêu, nhà ẩn dật là bậc túc học được theo tiên sinh học thấu nghĩa "tri ngôn, dưỡng khí"… Sở học của tiên sinh. Thật là rộng lớn mà tinh vi vậy, dẫu đọc bất cứ ngàn muôn kinh sách nào cũng rõ nghĩa lý được. Tiên sinh không hứng ra làm quan, nên đại khái không thấy được sự nghiệp".
"Từ thuở tiên sinh lấy lối học nghĩa lý để giáo hóa, chẳng những đương thời đào tạo được nhiều bậc nhân tài mà còn truyền thuật, giảng luận trau giồi về sau, tới nay dân gian trong sáu tỉnh Nam Kỳ, tỏ lòng trung nghĩa, cảm phát dám hy sinh tới tính mạng, xét ra tuy nhờ đức thân nhân của quân vương nhuần gội, cố kết nhân tâm, nhưng nếu không có công đức mở mang huấn dục của tiên sinh từ thuở trước thì làm sao có được nhân tâm như thế…".
Nam Bộ thời Võ Trường Toản là vùng đất mới, lưu dân tứ xứ lập nghiệp, nhu cầu bức thiết cần những người tri thức để quản trị xã hội, định hình văn hóa, hướng lòng dân về một mối, phát triển toàn diện lâu dài. Thế nhưng với những người chân lấm tay bùn, "côi cút làm ăn, toan lo nghèo khó" thì chuyện nhân nghĩa sao bằng chuyện cái ăn, cái mặc.
Ấy thế mà Võ Trường Toản cùng những học trò của mình, bằng đức độ và tài năng lại có thể khai thông đạo học, mở mang tri thức xứ sở, giáo hóa dân chúng, làm cho miền Nam trở nên đoàn kết, gắn bó với quốc gia, trung nghĩa liều mình khi nước mất nhà tan.
Người thầy của giới sĩ phu Nam Bộ
Nhà nghiên cứu Nguyễn Đình Đầu từng viết rằng: "Sự thực, Ngô Tùng Châu cũng là tay văn học kiệt xuất, tiếc rằng chết sớm, nên đời sau ít nói tới. Là học trò đầu hạng của Võ Trường Toản, ông rất được Nguyễn Phúc Ánh phục tài và tin dùng. Bởi vậy, sau khi được thăng chức Tham tri bộ Lễ, ông còn được cử làm phụ đạo dạy Đông cung Cảnh (Nguyễn Phúc Cảnh) mà lâu nay do thầy Bá Đa Lộc kèm dạy…".
Những học trò xuất sắc mà nổi tiếng nhất lúc bấy giờ của cụ Võ Trường Toản là "Gia Định tam bảo" hay còn gọi "Gia Định tam gia", tức ba ông Trịnh Hoài Đức, Lê Quang Định, Ngô Nhân Tịnh - 3 quan văn đại thần đắc lực của vua Gia Long, có nhiều công lao đối với sự phát triển của Nam Bộ xưa. Thơ văn của họ được in thành sách Gia Định tam gia thi cập còn truyền đến nay.
Chẳng những các học trò chịu ảnh hưởng sâu sắc, những người thuộc thế hệ sau như Nguyễn Đình Chiểu, Huỳnh Mẫn Đạt, Phan Văn Trị, Bùi Hữu Nghĩa, Trương Định, Nguyễn Hữu Huân... cũng được cho là ít nhiều chịu ảnh hưởng về đạo đức, khí chất của nhà giáo Võ Trường Toản. Họ đã giữ tròn tiết tháo khi nước nhà bị xâm lược, không làm hổ thẹn danh tiếng sĩ phu Nam Bộ.
Võ Trường Toản còn được đánh giá là một nhà thơ lớn mặc dù những biến cố lịch sử gần như làm thất lạc gần như toàn bộ sáng tác của ông. May trong tàng thư còn lưu giữ một bài phú "Hoài cổ" với 24 đối câu, thể hiện quan niệm về đời, về người mà Võ Trường Toản chứng kiến trong giai đoạn lịch sử đầy biến động.
Ông nhắc chuyện cũ với những điển tích, để giáo huấn người đời "lòng nhân nghĩa" và trong dâu bể cuộc đời chỉ có lòng nhân nghĩa mới là thứ trường tồn: "Rỡ rỡ cúc ba thu, ba thu lụn cúc đà tàn héo; hây hây sen chín hạ, chín hạ qua sen cũng rã rời. Cho hay vực thẳm nên cồn; khá biết gò cao hóa bể. Quán âm dương rước khách xưa nay, đã mấy mươi năm; đò tạo hóa đưa người qua lại, biết bao nhiêu chuyến. Nhấp nháy ngọn đèn trong kiếng, lênh đênh bóng nguyệt dòng sông...".
Võ Trường Toản mất ngày mồng 9 tháng 6 năm Nhâm Tý (27-7-1792) tại làng Hòa Hưng, được an táng tại đây. Hay tin, chúa Nguyễn Ánh cảm mến, tiếc thương, ban danh hiệu là "Gia Định xử sĩ Sùng Đức Võ tiên sinh", tức bậc xử sĩ họ Võ, người Gia Định, sùng về đức độ.
Và đôi liễn truy điệu: "Triều hữu huân danh, bán thuộc Hà phần cựu học; Trời Nam phong giáo, đề khâm Nhạc Lộc dư uy". (Tạm dịch: Những người có danh ở triều đình, một nửa thuộc về đất học cũ Hà phần (đất Bắc); Giáo dục văn hóa đất phương Nam, ai cũng phục cái uy lớn của Nhạc Lộc (Võ Trường Toản).
Tài năng và đức độ của thầy Võ Trường Toản - người thầy của bao lớp thầy vẫn được hậu thế truyền đời, khắc ghi. "Vạn thế sư biểu", "Kẻ sĩ Gia Định", "Sùng đức xử sĩ"... là những danh hiệu mà người dân Nam bộ dành tặng cho ông đủ để nói lên hết lòng ngưỡng mộ, niềm tự hào về một người thầy đã làm rạng danh cho xứ sở này.
Năm 1867, hài cốt của Võ Trường Toản được rước về làng Bảo Thạnh, tỉnh Vĩnh Long (nay thuộc huyện Ba Tri, Bến Tre). Di hài vợ cùng con gái cũng được cải táng cạnh mộ của ông, được công nhận là di tích cấp quốc gia năm 1998. Tên của ông được đặt cho một đại học ở tỉnh Hậu Giang, nhiều trường phổ thông khắp Nam Bộ. Riêng ở TP HCM, Võ Trường Toản là giải thưởng thường niên vinh danh những nhà giáo tiêu biểu của thành phố suốt hơn 20 năm qua.